为满足热带地区林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目实施需求，根据工作需要，按照公开、公平、公正原则，特向社会公开遴选热带地区林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目分子鉴定服务供货商，现将有关事项公告如下：

一、项目概况

项目名称：热带地区林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目分子鉴定服务采购。

项目预算：55.00万元。

二、服务内容及技术要求

（一）分子鉴定服务

1.DNA样本库构建

（1）在全省范围内对土沉香（Aquilaria sinensis）、降香黄檀（Dalbergia odorifera）等树种的野生种和地方品种进行采样（嫩叶），共完成600份DNA材料的基因组DNA提取。

（2）针对沉香、降香黄檀等富含多糖、多酚、树脂的树种采用改良CTAB法，其他树种采用常规CTAB法，提取困难的树种可配套使用试剂盒法作为补充方案。DNA提取成功率≥98%。

（3）质量要求：DNA纯度（A260/A280比值）在1.8～2.0之间，A260/A230比值＞2.0，浓度≥50ng/μL；1%琼脂糖凝胶电泳显示主带清晰、无降解或RNA污染。不合格样本重新提取直至满足要求。

（4）合格DNA样本分装2～3份（分别用于备份、测序/分型、长期保存），置于-80℃超低温冰箱保存；建立电子化台账，完整录入样本编号、树种、来源地、提取方法、浓度、纯度、保存位置等信息，样本合格率≥98%。

2.代表性样本基因组测序与生物信息学分析

（1）从600份DNA样本中，结合物种类别、地理来源、表型差异等条件，挑选约300份代表性样本（涵盖不同物种、基因型及地理来源，土沉香基因组约800Mb，降香黄檀基因组约700Mb）。

（2）对300份代表性样本开展高通量重测序，覆盖度15×，原始数据Q30≥85%，无样本混淆，保留测序原始数据至少5年。

（3）生物信息学分析：使用FastQC去除接头和低质量reads进行质控；使用BWA将clean reads比对至近缘参考基因组；使用GATK流程鉴定SNP/InDel变异；使用MISA软件识别SSR位点，统计SSR位点类型、数量及分布特征，分析候选SSR标记。

（4）形成完整、规范的生物信息学分析报告1份，变异检测、SSR挖掘结果可复现。

3.SSR核心标记开发

（1）基于生物信息学分析挖掘的SSR位点，利用Primer3软件设计合成288对SSR引物（含上下游引物）及1条荧光接头引物，退火温度55～65℃，扩增片段长度100～300bp，确保引物特异性强、灵敏度高。

（2）选取8份代表性样本（土沉香、降香黄檀各4份）对288对SSR引物进行PCR扩增，通过琼脂糖凝胶电泳初步检测扩增效果；对扩增正常的引物进一步采用荧光标记毛细管电泳检测多态性，计算多态性信息含量（PIC），完成2个树种的引物筛选验证。

（3）筛选标准：PIC≥0.3，扩增条带清晰、稳定性好、重复性强、特异性高。最终开发SSR核心标记不少于75个（土沉香、降香黄檀各不少于35个多态性SSR标记），并合成相应荧光标记引物。

（4）形成SSR核心标记清单，明确每对核心标记的引物序列、退火温度、扩增片段长度、多态性信息含量（PIC）、毛细管电泳等技术参数，编制标记使用说明书。

4.DNA指纹图谱构建与数据库建设

（1）将SSR核心标记按扩增片段大小和荧光标记颜色分组（每组3～5个标记，避免片段重叠），对全部600份样本开展荧光多重PCR扩增（每物种35个SSR标记），扩增产物经毛细管电泳仪（如ABI3730xl）检测，获取每份样本的等位基因信息，生成数字化DNA指纹数据。每个样本每个标记至少检测一次，并设置阳性对照和阴性对照。

（2）600份样本的基因分型成功率≥95%，每份种质具有唯一指纹编码。使用GenAlEx等专业分析软件处理基因分型数据，编制《600份林草种质资源DNA指纹图谱集》，完整标注样本信息、标记信息、指纹数据。

（3）基于MySQL数据库搭建DNA指纹图谱数据库，整合样本信息、SSR标记信息、基因分型数据及指纹图谱，开发查询、比对、溯源功能模块，实现高效管理和便捷使用。建立定期备份制度，确保数据安全。

（二）沉香T2T基因组组装

1.测序服务

（1）选取土沉香代表性样本2份，分别构建PacBio HiFi文库、ONT超长读长（100K）文库和Hi-C文库。

（2）设置测序实验，采用Illumina平台完成100X的DNA短读长测序用于基因组评估及组装校正，借助PacBio Revio平台完成100X的PacBio HiFi测序用于三代基因组组装，利用Oxford Nanopore平台完成60X的ONT Ultra-long-100K测序实现三代组装、补gap、跨重复区以及rDNA和着丝粒连接，通过Illumina平台完成100X的Hi-C测序用于染色体挂载，同时获取转录组数据辅助基因组注释，方案建议优先开展基因组survey，再启动后续三代测序。

2.基因组组装

（1）采用PacBio HiFi数据结合ONT超长读长进行端粒到端粒（T2T）基因组组装，利用Hi-C数据进行染色体水平挂载，最终获得染色体级别的无gap（gap-free）参考基因组。

（2）组装质量要求：Contig N50≥30Mb，染色体挂载率≥98%，每条染色体两端均鉴定到端粒重复序列，BUSCO完整度≥95%（胚胎植物库_odb10），LAI评分≥20。

（3）完成着丝粒区域、rDNA区域及高重复区域的组装与注释。

3.基因组注释

（1）重复序列注释：综合运用同源预测、de novo预测和转录组辅助方法，完成全基因组重复序列鉴定与分类。

（2）基因结构注释：结合从头预测、同源蛋白比对和RNA-seq证据，完成蛋白编码基因预测，基因模型BUSCO完整度≥90%。

（3）基因功能注释：利用NR、Swiss-Prot、Pfam、KEGG、GO等数据库完成基因功能注释，注释率≥90%。

（4）非编码RNA注释：完成miRNA、tRNA、rRNA、snRNA等非编码RNA的预测与分类。

4.数据交付

（1）交付全部原始测序数据（PacBio HiFi、ONT、Hi-C、Illumina）及中间分析文件。

（2）交付T2T级参考基因组序列（FASTA格式）、基因注释文件（GFF/GTF格式）、功能注释结果表、重复序列注释文件、基因组圈图及共线性分析图等。

（3）形成完整的沉香T2T基因组组装与注释分析报告2份。

（4）所有数据存储于移动硬盘或云存储交付，并提供至少5年的数据备份保障。

三、商务要求

1.本项目的伴随服务包括：

（1）负责全部实验检测、测序及数据分析工作；

（2）提供全套的技术培训和对应的售后服务；

（3）伴随服务报价包含在投标总价内。

2.服务期：自签订合同之日起3个月内完成全部服务内容并交付成果。

3.交付地点：海南省海口市琼山区新大洲大道409号滨江中心A座20层2005办公室（海南省林科院滨江院区）。

4.成果质量保证期：自成果验收交付之日起不少于1年，保证期内如发现数据质量问题或分析结果错误，供货商应负责免费重新检测或修正分析。

5.技术支持响应时间：提供7×24小时技术支持和服务。在采购人正式提出服务要求后，2小时内作出实质性响应，24小时内给出解决方案。

四、资质（资信）要求

1.在中华人民共和国注册的、具有独立承担民事责任能力的法人，持有有效营业执照；

2.信誉良好，遵守行业规范，并提供近2年以来具有类似项目的相关业绩；

3.在近3年内经营活动中没有违法记录（成立不足三年的从成立之日起算），在经营活动中没有重大事故、违法记录的声明（提供声明函，加盖本单位公章）；

4.必须为未被列入“信用中国”网站（www.creditchina.gov.cn）、“中国政府采购网”（www.ccgp.gov.cn）的“失信被执行人”、“重大税收违法案件当事人名单”的供应商（提供查询结果网页截图并加盖单位公章）。

注：本项目不接受联合体报名，且不允许入选单位以任何名义进行转包。

五、报名事项

（一）需提交材料

参选单位按以下顺序整理提交报名资料1套并分别加盖公章：

1.营业执照副本复印件、组织机构代码证、相关资质证书、税务登记证复印件或“一照三号”或“一照一码”营业执照副本复印件；

2.如果由法定代表人参加报名，则仅需提供法定代表人身份证明书、法定代表人身份证复印件；如果由代理人参加报名，则需提供法定代表人身份证明书、法定代表人身份证复印件、授权委托书及被授权人身份证复印件；

3.相关检测资质证明文件；

4.相关业绩证明资料（合同关键页复印件）；

5.报价函；

6.商务偏离表；

7.服务方案；

8.具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度（提供参加本次遴选前一年内财务会计制度健全、财务状况良好的承诺函，原件加盖公章，格式自拟）；

9.依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录（提供参加本次遴选前一年内依法缴纳税收和社会保障资金承诺函，格式、内容自拟，原件加盖公章）；

10.无重大违法记录承诺函；

11.提供“信用中国”“中国政府采购网”网站查询结果；

（二）报价要求

此次报价包括服务费用及其他一切相关费用，不再产生额外费用。

（三）材料报送相关要求

参选单位请于2026年10月28日17:30时前（逾期不予受理）将上述相关材料加盖公章密封后送至我院（不接受邮寄）。

接收地址：海南省海口市琼山区新大洲大道409号滨江中心A座20层2005办公室（海南省林科院滨江院区），材料封面注明单位联系人、电话及邮箱。

六、遴选原则

综合考虑企业诚信、服务优质、价格优惠、项目业绩、服务方案等因素，择优选取1家供货商，遴选结果将在我院官方网站公示，公示期为3个工作日。

联系电话：0898-65881083

                                                                                           海南省林业科学研究院（海南省红树林研究院）

                                                                                                        2026年10月22日